urodziła się 21 października 1932 w Poznaniu. W 1950 ukończyła w Warszawie szkołę średnią. Równocześnie uczęszczała do szkoły muzycznej II stopnia (klasa fortepianu), którą ukończyła w 1955. W latach 1951-56 odbyła studia na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Warszawskiego, kierunek: muzykologia. W marcu 1959 uzyskała stopień magistra na podstawie rozprawy pt. Źródła do scherz Fryderyka Chopina, napisanej pod kierunkiem prof. Józefa M. Chomińskiego. W latach 1959-1961 współpracowała przy przygotowywaniu Katalogu Tematycznego dzieł Chopina pod kier. prof. dr hab. J.M. Chomińskiego. 1961-1965 odbyła studia doktorankie w Instytucie Sztuki PAN w Warszawie, gdzie pod kierunkiem prof. J.M. Chomińskiego przygotowała rozprawę doktorską pt. Faktura fortepianowa Chopina.

W marcu 1966 uchwałą Rady Naukowej Instytutu Sztuki PAN uzyskała na jej podstawie stopień doktora nauk humanistycznych. Następnie (1967-1968) była adiunktem na Wydziale Sztuk Pięknych Uniwersytetu im. Mikołaja Kopernika w Toruniu, gdzie prowadziła wykłady w historii muzyki. Od 1 stycznia 1969 roku pracuje w Zakładzie Historii Muzyki Instytutu Sztuki PAN w Warszawie, najpierw jako adiunkt, a następnie docent. W latach 1981-1992 była kierownikiem tego Zakładu. Równocześnie w 1989 roku podjęła pracę w Katedrze, a obecnie Instytucie Muzykologii Uniwersytetu Jagiellońskiego, gdzie przez 20 lat prowadziła wykłady i seminaria z zakresu edytorstwa muzycznego oraz powszechnej i polskiej historii muzyki okresu klasycyzmu i romantyzmu. W 1996 roku habilitowała się na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Jagiellońskiego na podstawie rozprawy Wariacje i technika wariacyjna w twórczości Chopina.

Z. Chechlińska jest członkiem Związku Kompozytorów Polskich gdzie w latach 1969-75 była członkiem Zarządu Sekcji Muzykologów, kolejno jako sekretarz a następnie wiceprzewodnicząca. Jest również członkiem stowarzyszenia "Polska Akademia Chopinowska".

Od 2005 roku Z. Chechlińska jest redaktorem naczelnym monumentalnej serii Dzieła Chopina. Wydanie Faksymilowe wydawanej przez Narodowy Instytut Fryderyka Chopina

.